بهینه سازی روش استخراج DNA از مقادیر کم بافت در بندپایان خشکی زی :مطالعه موردی در جورپایان خشکی زی.

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران

2 پژوهشکده فناوری های نوین زیستی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران

چکیده

در سال های اخیراستخراج DNA از موجودات مختلف اهمیت راهبردی در مطالعات تحلیل های مولکولی، تبازایی و اخیرا توالی یابی نسل جدید (NGS) دارد. این فرآیند در موجوداتی که اطلاعات ژنومی بسیار محدودی برای آنها وجود دارد از اهمیت بیشتری برخوردار است.
در مطالعه حاضر، DNA ژنومی از گونه های جورپایان خشکی زی جنس Protracheoniscus که از مناطق مختلف ایران جمع آوری شده است، از حدود 002/0 گرم بافت غالبا کیتینی بر پایه روش فنل-کلروفرم استخراج شد. کیفیت استخراج با روش های الکتروفورز و نانودراپ بررسی شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز برای ژن میتوکندریایی COI و متعاقبا توالی یابی موفق آن تایید دیگری در استخراج از این میزان کم بافت این جانداران بود.
نتایج تحقیق حاضر می تواند با توجه به فراوان بودن جانداران با اطلاعات ژنومی محدود به صورت کاملا کاربردی در مطالعات تبازایی یا سایر آنالیزهای ژنومی در گونه‌های نادر با میزان بافت بسیار کم به کار گرفته شود .

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

An optimized DNA extraction method from low amount of tissue in land arthropods: a case study in terrestrial isopods.

نویسندگان [English]

  • Elnaz Zangani 1
  • Sara kafimolla 1
  • Abbas Bahari 2
  • vahab jafarian 1
  • Gasem Mohammady Kashany 1
1 Department of Biology, Zanjan University, Zanjan, Iran
2 Research Institute of Modern Biological Techniques, University of Zanjan, Iran
چکیده [English]

In recent years DNA extraction from various organisms is of strategic importance in downstream research such as molecular analysis phylogeny, and more recently new generation sequencing. This process will be even more important in organisms for which there is very limited genomic information.
In the present work, genomic and mitochondrial DNA was extracted from almost 0.002 gram tissue of terrestrial isopods of Protracheoniscus species collected from different parts of Iran, based on phenol-chloroform procedure. The quality of extracted DNA was exactly evaluated by electrophoresis and nanodrop methods. Polymerase chain reaction for mitochondrial gene COI and its subsequent successful sequencing were regarded as another confirmation of DNA extraction from the given amount of these creatures tissue.
The results of the present study can be used in phylogenetic studies or other genomic analyzes in rare species with very low tissue content due to the abundance of organisms with limited low genomic information.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Key words: DNA extraction
  • PCR
  • terrestrial isopods
  • Protracheoniscus